Après des désordres politiques auxquels il s’était mêlé, il quitte son ancien poste et s’installe à Tokyo, où il finit par ouvrir son propre magasin : Etablissements UESHIBA, librairie et papeterie scolaire. Une crise de béribéri le force à retourner à Tanabe, où il épouse Hatsu Itokawa (née en 1881), une amie d’enfance. Ce fut pendant ce premier séjour que Morihei commença sérieusement l’étude des Arts martiaux par le Jujutsu et le Kenjutsu traditionnels.

En 1903, il est incorporé dans l’armée à Osaka. Son courage et ses dons évidents pour le combat y seront reconnus de tous. Parallèlement, il continue à s’entraîner et entre au dojo de Masakatsu Nakai pour étudier l’école Goto du Yagyu ryu jujutsu. Libéré de l’armée en 1907, Morihei retourne à Tanabe et y étudie le Judo kodokan, tout en continuant le Yagyu ryu jujutsu, dont il reçoit bientôt le diplôme.

En 1910, alors que sa fille aînée Matsuko vient de naître, il commence à s’intéresser de très près à un projet d’implantation d’une colonie en Hokkaido. En 1912, il part avec des volontaires (cinquante quatre familles) et installe le groupe à Shirataki, près de Yobetsu. L’adaptation et l’aménagement du secteur furent difficiles, mais bientôt les travaux portèrent leurs fruits avec un développement plutôt rapide de cette nouvelle ville de Shirataki. C’est dans une auberge à Engaru que Morihei rencontra Sokaku Takeda, célèbre maître du Daito ryu. Après s’être intensément entraîné avec lui, il obtint le certificat du Daito ryu jujutsu.

En novembre 1919, Morihei eut la douleur d’apprendre que son père était gravement malade et partit sur-le-champ pour Tanabe. Pendant son voyage de retour, il rencontra celui qui allait devenir son mentor spirituel : Onisaburo Degushi, gourou de l’Omoto-kyo, une secte en pleine expansion. Quand Morihei lui demanda de prier pour son père, il lui répondit : « Votre père est très bien comme il est ». Ces mots firent sur lui une impression profonde. Yoroku Ueshiba, son père, décéda le 2 janvier 1920 à l’âge de 76 ans. Morihei en fut bouleversé et, désorienté, il alla trouver refuge dans la secte Omoto à Ayabe, qu’il intégrera pour huit ans. Il y ouvrit « l’Académie Ueshiba », où il enseignait les arts martiaux aux autres adeptes. C’est toujours à cette période qu’il perdit ses deux fils : Takemori et Kuniharu.

En février 1921, les autorités décidèrent de supprimer cette secte, qui prenait une importance considérable. C’est au cours de cette même année que naît Kisshomaru Ueshiba, le futur Doshu. Les deux années suivantes, Morihei tenta d’aider Onisaburo à reconstruire l’Omoto kyo. A partir de cette période, Morihei mit une plus grande part de spiritualité dans sa pratique des arts martiaux, ce qui l’amena à appeler en 1922 sa discipline aïki-bujutsu.

En 1924, Onisaburo fait part à Morihei d’une idée folle qui germait en lui depuis un certain temps. Il décide d’aller bâtir un nouvel Etat en Mandchourie, qui serait guidé par des préceptes religieux et par la lumière de l’esprit. Le 13 février, ils partent secrètement pour la Mandchourie, Morihei jouant le rôle de garde du corps de Onisaburo. Cependant, leur expédition est vouée à l’échec, et le 20 juin, ils sont arrêtés par les troupes chinoises à Baian Dalai. Morihei, Onisaburo et quatre autres personnes sont condamnées à mort. C’est au dernier moment qu’ils sont sauvés par l’intervention du consulat japonais, qui les rapatrie. Bien que cette aventure se soit conclue par un échec, Morihei avait pu tester ses capacités martiales en plusieurs occasions. A force de recherches et de ténacité, il avait développé une sorte de sixième sens, le Sen no sen, qui lui permettait de percevoir les intentions de ses adversaires. Lors du voyage en Mongolie, il s’était trouvé sous la menace d’un pistolet Mauzer et, ayant pressenti le danger, il eut le temps de sortir de la ligne de tir, puis de désarmer l’agresseur. Cet épisode, bien connu des pratiquants d’aïkido, illustre parfaitement un aspect très important de cette discipline.

Au printemps 1925, un officier de marine, professeur de kendo, défia le Fondateur. Cependant, il n’arriva pas à le toucher une seule fois avec son sabre en bois et, épuisé, il abandonna. C’est alors que Morihei sortit dehors pour se rafraîchir et qu’il connut le satori, sa révélation spirituelle. Voici comment il la rapporte:

« Je m’en souviens encore, alors que je marchais seul dans le jardin, j’eus soudain l’impression que l’univers tremblait et qu’une lumière d’or jaillissait de la terre, me couvrant d’un voile pour changer mon corps en un corps d’or. Dans le même instant, mon esprit et mon corps devinrent lumière. Je fus capable de comprendre le chant des oiseaux, j’avais une parfaite conscience de l’esprit de Dieu, Créateur de l’univers. Je connus alors l’illumination : la source du budo est l’amour divin, l’esprit d’amour protégeant tous les êtres. Mes joues furent baignées de larmes de joie.

Depuis lors, je suis pénétré de la sensation que la terre entière est ma maison et que le soleil, la lune et les étoiles m’appartiennent. Je me suis libéré de tout désir, pas seulement pour la réussite sociale, la gloire ou la possession, mais aussi du désir d’être fort. J’ai compris que le budo n’aspire pas à vaincre l’adversaire par la force, ni à conduire l’univers à sa destruction par les armes. Le véritable budo consiste à accepter l’esprit de l’univers, à maintenir la paix dans le monde, à produire, protéger et cultiver avec rigueur et honnêteté tous les biens de la nature. Je compris que dans le budo, s’entraîner c’est recevoir l’amour divin qui produit, protège et cultive avec rigueur et honnêteté tous les biens de la nature, pour l’assimiler et l’utiliser à l’intérieur même de notre esprit et de notre corps. »

C’est depuis cet épisode que l’aïki-bujutsu prit le nom d’aïki-budo. Quand celui-ci prit son essor, il attira des adeptes célèbres qui contribuèrent à sa propagation. L’un des premiers fut l’Amiral Isamu Takeshita, qui invita Morihei à Tokyo en 1925, 1926 et 1927, à trois reprises. Il y fit de nombreuses démonstrations devant des notoriétés qu’il impressionna considérablement. Après ces trois invitations à Tokyo, Morihei décida de s’y installer. En 1930, il acquit une villa à Ushigome dans le Wakamatsu-cho, et débuta la construction d’un nouveau dojo.

En 1930, il reçut la visite de Jigoro Kano, le créateur du Judo, Maître du Kodokan. Celui-ci fut très impressionné par le travail de Morihei : « Vous avez réalisé mon idéal du Budo ». En conséquence, Kano envoya deux de ses élèves étudier sous la férule de Morihei : Jiro Takeda et Minoru Mochizuki. En avril 1931, un dojo de quatre vingt tatamis qui fut baptisé Kobukan fut établi dans le Wakamatsu-cho. C’est à partir de ce moment et pendant les dix années qui suivirent que l’aïkibudo connut sa période faste. Morihei donnait des cours non seulement au Kobukan, mais aussi dans d’autres dojos de la région et les postes de police, qui était très intéressés par cet art martial. En 1932 fut fondée la Société pour la Promotion des Arts Martiaux Japonais et en 1933, Morihei en est le président. Un centre d’entraînement à plein temps, nommé dojo Takeda, est établi la même année ; il accueille des douzaines d’étudiants qui vivent entre la pratique de l’aïkibudo et la culture de la terre.

Vers le milieu des années 30, Morihei était devenu célèbre. Plus encore que par sa maîtrise des arts martiaux japonais, il attire l’attention du public par sa conception originale de l’union de l’esprit, de la pensée et du corps qu’il tente de mettre en application dans son école. Il fera pendant cette période plusieurs voyages en Mandchourie, dont le dernier, en 1942, aura pour but de présenter l’aïkibudo à l’Empereur Pu Yi en personne. Le premier président du Kobukan dojo, à partir de 1940, fut l’Amiral Isamu Takeshita, qui avait beaucoup œuvré pour son développement. La même année, l’Académie de Police où Morihei enseignait adopta l’aïkibudo comme référence officielle. Par suite des troubles de la guerre du Pacifique, les étudiants s’en allaient un à un, et c’est le fils de Morihei, Kisshomaru Ueshiba, qui reprit la direction du dojo. C’est à cette période que l’aïkibudo devint aïkido.

Morihei se retira ensuite avec sa femme à Iwama, où il resta jusqu’à la fin de la guerre, dans une grange grossièrement aménagée. C’est en ce lieu qu’il décida de construire un sanctuaire dédié à l’aïkido, qui fut achevé en 1944. Parallèlement, un dojo fut fondé, le dojo d’Ibaragi. Au lendemain de la seconde Guerre Mondiale, les arts martiaux eurent une période de déclin. En effet, les Américains avaient interdit leur pratique, mais c’est l’aïkido qui fut le premier à être rendu légalement praticable. C’est alors que le dojo principal de Tokyo fut rebaptisé dojo Ueshiba, « Centre Mondial de l’aïkido ». C’est toujours Kisshomaru qui en était le responsable, pendant que Morihei restait à Iwama dans la contemplation et la pratique des arts martiaux.

Jusqu’en 1950, Morihei continua à voyager à travers tout le Japon, répondant à quelques-unes des innombrables sollicitations qu’il recevait. C’est à partir de cette période que son aïkido devint plus doux et plus souple que le style qu’il possédait avant la guerre. En 1956, Morihei effectua sa première démonstration en public, poussé par son fils. Celle-ci eut un énorme retentissement, et Morihei fut depuis partisan de ce genre de démonstrations, qu’il n’aimait pas auparavant par crainte d’une mauvaise utilisation des techniques présentées.

Alors que l’aïkido entrait dans son âge d’or avec une extension considérable, Morihei laissa complètement la direction de l’Aïkikai à son fils tout en continuant cependant à faire des démonstrations. Le 28 février 1961, il partit pour les Etats-Unis sur l’invitation de l’Aïkikai de Hawaii...

Le 7 Août 1962, un grand festival fut organisé au temple Aïki d’Iwama pour célébrer les 60 ans de pratique de Morihei, et, en 1964, il reçut une distinction spéciale de l’Empereur Hitohiro en reconnaissance pour sa contribution exceptionnelle aux arts martiaux.

En 1968, Morihei effectuait sa dernière démonstration publique : c’était au Kokaido à Hibiya.A partir de janvier 1969, son état physique s’amenuise de plus en plus rapidement et il s’éteint en paix, à l’âge de 85 ans, le 26 avril 1969 à cinq heures de l’après-midi. Une veille se tint au Hombu dojo le premier mai, et le même jour l’Empereur Hitohiro lui décernait une dernière distinction à titre posthume. Ses cendres furent enterrées dans le temple de la famille Ueshiba à Tanabe, et les mèches de ses cheveux furent conservées comme reliques sur l’autel Aïki à Iwama, au cimetière familial de Ayabe et au grand autel de Kumano.